在苗木生产过程中，很难避免苗圃受到水淹。水淹后的苗木轻则影响生长，降低其质量，重则全军覆没。受到水淹后的苗圃应积极采取必要的措施，减少灾害造成的损失。
苗圃地选择 苗圃地应选择在地势较高，能排能灌、交通便利的地块。苗圃地要求土层深厚、有机质含量高，以土壤透气性好的沙质壤土较好。
苗圃规划 苗圃建设之初要进行科学合理的规划，特别强调排水沟和灌溉设施的合理安排。排水沟要求深度1米至1.5米，宽度2米。沟与沟之间不超过50米，沟要与附近大的沟河相通，才能保证排水畅通。
清沟沥水 雨季要时常关注天气预报，大的降雨来临之前要对排水沟进行认真检查，发现问题及时处理。降雨后应及时检查苗圃是否积水，如有积水要及时采取措施，将渍水清除出去，降低地下水位，减少苗木的积水时间，增加土壤中空气量。
苗木修剪 由于地面积水导致苗木根系不能正常呼吸，不能吸收水分，同时树冠的水分蒸腾在继续，易造成苗木失水干旱而死。因此，水淹超过24小时的苗木要进行修剪处理，减少水分的蒸腾，保持苗木水分平衡，修剪幅度视树种和水淹的程度而定，一般保留原枝叶量的1/3至2/3。
扶苗培土 苗木水淹后不要急着扶苗，扶苗会导致根部受损，加速苗木死亡。扶苗要在积水全部排出，地面基本干燥以后，将苗木轻轻扶起，并适当培土。受泥浆污染的苗木叶片可用喷雾器进行清洗，以迅速恢复光合作用和呼吸作用。
合理施肥 经水淹的苗木根系在一定程度上受到了伤害，要加强肥水管理进行复壮。清沟沥水半月后应追施一次速效肥，可以选择氮磷钾
复合肥或者是二胺，每亩数量不超过25公斤。施肥时间要控制在8月30日之前，以促进苗木根系和苗茎的生长，增强苗木抗逆能力。
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