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生物肥料是靠微生物作用而发挥增产作用。其有效性取决于优良菌种、优质菌剂和有效的施用方法。生物肥料施用原则是要保证有足够数量的有效微生物，适合有益微生物生长的环境。生物肥料必须选用质量合格的，质量低劣，过期的不能使用。为尽量减少微生物死亡，施用过程应避免阳光直射，拌种时加水适量，使种子完全吸附。菌肥在酸性土壤中直接施用效果差，要配合施用草木灰，以加强微生物的活性。微生物生长需要保持土壤适量的水分，及时排灌。生物肥料中的微生物大多是好气性的，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，保持土壤疏松、通气良好。微生物活动需要消耗能量，施用时应配合有机肥料。要有充足的氮磷钾和微量元素。
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