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辣椒的根系不发达。一般多发布在30cm土层内。根系再生能力弱，不耐涝也不耐旱，不耐高温或低温。辣椒茎木质部较发达而且坚硬，自然直立，分叉力弱，适于密植。单叶互生，有卵圆形的或长卵圆形。完全花，呈白色或紫色。花有单生和簇生两种，以单生较普遍。浆果。果皮是食用部分。果实有大果型，味较淡称为甜椒；有小果型的多为长椒，一般辣味较重。果实的形状有圆锥形、圆球形、弯曲形、扁圆形及羊角形。种子扁平略带圆形，淡黄色或乳白色。种子千粒重3.0-7.8g。发芽力一般可以保持2-3年。
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