1、高温闷棚法：
利用太阳的能量烤棚是一种很好的土壤消毒方法。夏季高温季节，将温室大棚密闭，在土壤表面撒上碎稻草(每667平方米用量700～1000千克) 和生石灰(每667平方米用量500千克)，深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均匀混合，然后起大垄灌大水。并保持水层，盖严棚膜，密闭大棚15～20天。石灰遇水放热，促使稻草腐烂也放热，再加上夏季天气炎热和大棚保温。白天棚内地温可55℃～60℃，25厘米深土层全天温度都在50℃左右，半月左右即可起到消毒土壤和除盐的作用。单独利用灌水闷棚或者生石灰闷棚也可以，但效果比这种方法差一些。
2、施用生物肥法：
通过人工补充有益微生物菌群，抑制灭杀土壤有害病菌，达到以菌制菌的目的，若使用
杀菌剂，两者之间使用需间隔在一周以上。
3、福尔马林消毒法：
土壤耕翻后，每平方米土地用50毫升福尔马林，兑水10～12千克，或每平方米喷酒100倍的福尔马林液0.15千克，然后用塑料薄膜盖严。7～10天后揭膜，并翻耕1～2次，使药液挥发，3～5天即可栽培作物。
4、药剂消毒法：
每平方米用50%
多菌灵可湿性粉剂2克，或50%
甲基托布津可湿性粉剂8克、或40%五氯硝基苯8克，兑水2～3千克，掺细土5～6千克，播种时做下垫土和上盖土，可有效防治多种真菌性病害 。
5、喷淋或浇灌法：
将96%恶霉灵3000倍药液用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌溉到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土壤中病菌，防治苗期病害，效果显著。
每平方米苗圃地用等量式(即：硫酸铜、石灰、水的比例为1：1：100)
波尔多液2.5公斤，加赛力散10克喷洒土壤。对防治黑斑病、斑点病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等效果较明显。
多菌灵能防治多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害效果很明显。土壤消毒用50%可湿性粉剂，每平方米施用1.5克，可防治根腐病、茎腐病、叶枯病、灰斑病等，也可按1：20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效地防治苗期病害。
8、代森铵消毒法：
代森铵为有机硫
杀菌剂，杀菌力强，能渗入植物体内，经植物体内分解后还有一定肥效。用50%水溶代森铵350倍液，每平方米土壤浇灌3公斤稀释液，可防治黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病。
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