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由植物体内主要物质蛋白质、糖、脂肪衍生的物质，如酚类、类萜和生物碱等。早期认为它们是代谢的副产品，不具有生理意义。实际并非完全如此。例如赤霉素、脱落酸属于类萜，它们对生长发育起调节控制作用；酚类衍生物木质素，从进化的观点看，缺乏它植物就不可能由水生到陆生；挥发油（属类萜或酚类）及其他可以吸引昆虫传粉。但也有很多次生物质如橡胶、松香、单宁以及多种生物碱的生理功能仍不了解。
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