1 机械混杂
主要是指辣椒种子在收获、脱粒、清选、晾晒、贮藏、包装、运输过程中，由于工作疏忽，导致品种混杂。此外，还有由于不合理的轮作和田间管理以及施用混有辣椒种子的未经充分腐蚀的厩肥和堆肥引起的混杂。虽说机械混杂不改变品种的遗传性，如不及时清除，其混杂程度逐年加大，会进一步引起生物混杂。
2 生物学混杂
主要指辣椒品种间或种间、变种间因天然杂交而造成品种退化的现象。其主要原因是留种地间没有隔离或隔离不严，比如由于机械混杂导致生物学混杂，其杂合体继续繁殖，将产生更多分离类型，引起种性退化。
为防止生物学混杂，除了杜绝机械混杂外，应对留种田严格隔离。
隔离的方式主要有机械隔离和空间隔离等。
机械隔离：主要指利用纸袋、纱网、大棚、温室等机械设备进行隔离，这种隔离方法使用于仅需少量种子的辣椒原原种或原种种子生产上。
空间隔离： 辣椒属于常异花授粉蔬菜， 异变率为5％～30％， 原种留种田隔离距离为500m，生产田与留种田隔离距离应为200～300m。
3 留种群体过小或连续近亲繁殖
一个辣椒品种群体除了应在一些主要经济性状的基因型保持一致外，其他一些微效 基因应保护适当的“多型性”。象辣椒这种容易自交衰退的异花授粉蔬菜如连续近亲繁殖，都会造成品种群体的基因型单一化和遗传基因的贫乏，从而造成品种生活力降低，
适应性减弱。同时还会使一些隐性不良基因纯合，表现出不利的性状，因此在制种上， 一方面保持一定规模的种株群体，另一方面，要防止原种种株来自同一亲系进行近亲繁殖，以防品种退化。
4 栽培条件和技术措施不当
不同的辣椒品种适应自然条件的能力有一定差异，一般栽培与采种栽培对自然条件的要求有所不同，农业技术措施对品种内自然条件的要求有所不同。农业技术措施对品种内各种基因型起着淘汰和选择的作用，因此对辣椒品种的良种选育与制种一定要按其特征特性进行。
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