就目前的应用结果来看，转基因抗病虫草害作物不管对人体健康、生态环境、非靶标生物都是安全的。因为所转入的基因都是自然界中早就存在而且经过严格试验证明对人体健康、生态环境无害才可能用于转基因操作。转基因抗病虫草害植物同其他转基因植物一样，其研究、批准田间试验和商品化应用都有非常严格的规定及审批程序。
1、田间试验申请：首先经过实验室研究，成熟后向农业部提出小规模“中间试验”、中等规模“环境释放”试验和较大规模“生产性试验”，每一级试验都要单独向农业部申请。中间试验需要提供包括遗传工程体详细情况和实验室研究的试验数据结果。包括遗传工程体类别（所转基因来源的植物、动物及其类别），目的基因序列、目的基因产物的毒理学结果、所用载体、转基因方法、受体生物种类、遗传工程体安全等级及审批结论等。
从上一级试验转入下一级试验需要提供资料包括：
①农业转基因生物的安全等级和确定安全等级的依据；②农业转基因生物技术检测机构出具的检测报告；③相应的安全管理、防范措施；④上一试验阶段的试验报告。
2、转基因生物安全证书：生产性试验完成后，可以申请转基因生物安全证书，经农业部组织农业转基因生物安全委员会进行安全评价；安全评价合格的，方可颁发农业转基因生物安全证书。截至目前，中国共批准发放7种转基因植物的农业转基因生物安全证书，包括抗虫棉花、抗病辣椒（甜椒、线辣椒）、转基因抗病番
木瓜、转基因抗虫水稻，但要进入市场正式生产，还需要农业部颁发的生产许可证。目前，我国仅抗虫棉花、抗病木瓜被批准进入商品化生产。
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