鞭毛虫(Flagellata) 以鞭毛为能动细胞器的原生动物。如眼虫·夜光虫·锥虫·利什曼原虫等。
大多数物种的表膜坚韧,能保持一定的体型。随鞭毛运动,鞭毛一根或多根,一般从身体前端发出。
营养分三种: 自养营养(或称植物营养),即体内有色素细胞,能进行光合作用,自行产生养分,如毛滴虫;渗透吸收周围环境中溶解的有机物,例如锥虫; 动物营养,通过口腔摄取或吞咽外部固体食物,如变形虫·草履虫等。此外,如绿眼虫,还有一种混合营养法,即在有光的条件下,进行光合作用,自制养分;在无光照条件下进行腐生营养。无性繁殖一般为二元裂变,也有出芽;有性生殖是等配或异配的。它们分布广泛,自由生活在淡水·海洋和潮湿的土壤中。少数以寄生虫的形式生活,也有一些是人畜的病原体,如锥虫·利什曼原虫·毛滴虫等。有2000多种,分为2个亚纲。
植物鞭亚纲(Phytomastigina),通常有色素细胞,能进行光合作用。大渡颍自由自在生活,部分物种在水生食物链中扮演重要角色。如Chlanydomonas·Gonium等,富含蛋白质(占干物质的36-40%),成为浮游生物的组成部分,是甲壳类和鱼类的天然饵料。其他如夜光藻·Gonyaulax·裸甲藻等大量繁殖时可引起海水赤潮,可使大量鱼类和甲壳类动物中毒;有些毒素还可以储存在甲壳类动物中,人类和其他动物食入后会引起中毒。生长在淡水中的Dinobryon 和Synura 会污染水源,使水有臭味和鱼腥味。而绿眼虫(Englena viridis)等可作为有机物污染的指示生物。
Zoomastigina体内没有色素体,体表也没有坚韧的表膜。自由生活或寄生,有许多危害人类和经济动物的寄生物种。
锥虫属于Kinetoplastina 目。约有400种,大部分生活在脊椎动物的血液或间质液中。例如,流行于非洲的冈比亚锥虫(T.gambiense)寄生在人的脊髓液中,引起昏睡;伊氏锥虫(T.evansi)寄生在牛和马的血液中,引起苏拉病。南方各省:马等锥虫(T.equiperdum)交配时相互传染,寄生的马·驴的生殖器官常有水肿或溃烂。除我国西北地区流行外,世界各地均有流行。
利什曼原虫是一种细胞内寄生虫,在其生命周期中有两个宿主,即无脊椎动物和脊椎动物。寄生于人体的有3种,我国只有一种,即杜氏利什曼原虫(L.donovani),由吸血昆虫白血病(Phlebotomus chinensis)传播,引起黑热病。
寄生在鱼类身上的鞭毛虫有两种常见类型:Costia necatrix:梨形体;有4条鞭毛,两长两短;寄生在淡水鱼的鳃和皮肤上,对鱼苗有害,幼鱼危害最大。
隐翅虫;身如柳叶;有两根鞭毛,一根游离,一根从前到后,以起伏的膜与体表相连;寄生在草鱼等的鳃瓣上,阻碍呼吸,导致鱼类死亡。

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