生物菌肥，即指微生物(如细菌)
肥料，简称菌肥。它是由具有特殊效能的微生物经过发酵(人工培制)而制成的。生物菌肥含有大量的有益微生物，施入土壤后，或能固定空气中的氮素，或能活化土壤中的养分，改善植物的营养环境，或在微生物的生命活动过程中，产生活性物质，刺激植物的生长。生物菌肥的主要作用有以下3点。
1、提高土壤肥力
这是生物
肥料的主要功效，例如各种自生、联合或共生的固氮生物
肥料，可以固定空气中的氮素，增加土壤中的含氮量；多种分解磷钾矿物的微生物，如硅酸盐细菌能分解土壤中的钾长石、云母及磷矿石，使其中难溶的磷、钾有效化。
2、制造和协助农作物吸收营养
有些菌肥(如5406抗生菌肥)施用后，由于微生物的活动，不仅能增加土壤有效养分，还能产生多种激素类物质和各种维生素，从而促进作物的生长；根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素，占其一生需要量的30%~80%，VA菌根是一种土壤真菌，它可以与多种植物根共生，其菌丝伸出根部很远，可以吸收更多的营养供各种植物利用，其中以对磷的吸收最为明显。
3、增强植物的抗逆性
有些生物菌肥施用以后，由于在作物根部大量生长繁殖，成为作物根际的优势菌，它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素，从而抑制多种病菌的生长。VA菌根的菌丝则由于在作物根部的大量生长，除了可以吸收有益于作物生长的营养元素外，还可增加作物对水分的吸收，提高作物的抗旱能力。
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