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吴茱萸品种分为小花、中花、大花。2015版《中国药典》中，吴茱萸来源于吴茱萸、石虎、疏毛吴茱萸三个品种。
1、吴茱萸产区主要分布：在长江以南的贵州、重庆、湖南、江西、广西、浙江等地。（主栽吴茱萸的为湖南湘乡、浏阳，江西万载，浙江建德、平阳等地。）
2、其中主栽疏毛吴茱萸的：为广西柳城、阳朔，贵州余庆、松桃，江西樟树等地。
3、主栽石虎的产区有：贵州铜仁地区，湖南新晃、娄底、浏阳等地。
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