营养元素之间的拮抗作用是指某一营养元素（或离子）的存在，能抑制另一营养元素（或离子）的吸收。主要表现在阳离子与阳离子之间和阴离子与阴离子之间。
拮抗作用分为双向拮抗和单向拮抗。双向拮抗，如钙与钾、铁与锰等。
近年来，化学
肥料三要素的过多施用，与其他元素产生了一定的拮抗作用，使我们不得不注意使用一些中微量元素
肥料。如：
氮肥尤其是生理酸性铵态氮多了，易造成土壤溶液中过多的铵离子与镁、钙离子产生拮抗作用，影响作物对镁、钙的吸收；
磷肥不能和锌同补,憐肥和锌能形成磷酸锌沉淀，降低磷和锌的利用率；适量
钾肥可提高作物抗病及抗逆能力，但过多使用反而会造成浓度障碍，使植物容易发生病虫害，继而在土壤和植物体内与钙、镁、硼等阳离子营养元素产生拮抗作用，严重时引起脐腐和叶色黄化，甚至减产。
中微量元素使用过多也会产生一些拮抗作用或诱发一些生理性病害。如：钙过多，阻碍氮、钾的吸收，易使新叶焦边，叶色淡；过量施用石灰造成土壤溶液中过多的钙离子，与镁离子产生拮抗作用，影响作物对镁的吸收，钙、镁可以抑制铁的吸收，因为钙、镁呈碱性，可以使铁由易吸收的二价铁转成难吸收的三价铁；缺硼影响水分和钙的吸收及其在体内的移动，导致分生细胞缺钙，缺硼还可诱发体内缺铁，使抗病性下降。
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