从根系的发生及来源分类
可分为三类：实生根系、茎源根系和根孽根系。
1、实生根系：是指种子胚根发育而成的根系或用实生砧木嫁接的果树的根系。一般主根发达，根系较深，生命力强，对外界环境有较强的适应能力。实生根系个体间的差异要比无性繁殖的根系大，在嫁接情况下，还受到地上部接穗品种的影响。
2、茎源根系：是指根系来源于母体茎上的不定根，生产上用扦插、压条繁殖的果树根系，如葡萄、无花果等均为茎源根系。其特点是主根不明显，根系较浅，生活力相对较弱，但个体间比较一致。
3、根孽根系：是指果树在根上能发生不定芽而形成根孽，而后与母体分离形成单独个体的根系，如枣、石榴、山楂、櫻桃等的分株繁殖的个体根系。其特点与茎源根系相似。
从根系所承担的主要功能分类
可分为骨干根（主根、侧根）和须根（吸收根）。
1、骨干根：由种子胚根发育而成的称为主根，在它上面着生的粗大分枝称为侧根。无性繁殖的植株没有主根。骨干根的作用是支撑固定（地上部分）、疏导营养、贮藏养分和扩大根域空间，同时具有合成氨基酸等有机营养的能力，而吸收作用很弱。
2、须根侧：根上形成的较细（一般直径小于2.5毫米）的根称为须根。须根是果树根系的主体，占总根量的90%以上，须根的先端发生的初生根即根毛称为吸收根，为吸收水分和养分的主要器官，是生理最活跃的部分。须根以树冠外缘附近较为集中，是施肥的主要部位。
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