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菌肥可分为微生物菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料这3大类，其中又包括了不同的微生物菌种，不同的菌种作用也不同。例如枯草芽孢杆菌能增加作物抗逆性和固氮，菌根真菌能扩大根系的吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素的吸收能力等。
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