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黄芩是多年生草本植物，根茎呈肥厚肉质，达2厘米，伸长而分枝，高30-120厘米，基部近无毛或被上曲至开展的微柔毛，呈绿色或带紫色；叶片坚纸质，呈披针形至线状披针形，长1.5-4.5厘米，宽0.5-1.2厘米；花冠呈紫、紫红至蓝色，花梗长3毫米，花丝扁平，花柱细长。
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