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生物肥在发酵的过程中需要的菌种有细菌、真菌、放线菌等。细菌：作用为快速吸收具有可溶性且易分解的有机物，在发酵过程中能起到升温的效果。真菌：作用为分解木质素、纤维素。放线菌：作用为分解纤维素以及溶解木质素，抑制部分有害细菌的生长。
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