1、腐熟处理：腐熟处理的主要作用：一是增加有机肥中的有效养分含量；二是消灭有机肥中的病虫；三是避免施肥后烧伤蔬菜。
有机肥腐熟的一般处理方法是堆积发酵。具体做法是：将粪积成高15~2米的堆，堆好后用塑料薄膜覆盖严实或用泥土抹严实，保温和防雨淋。秸秆堆积时，要适当泼浇动物粪水，以促进分解。有机肥腐熟一般需要15~2个月，当粪发酵到“黑、烂、臭”时，翻堆降温，停止腐熟，进入下一个处理。
2、干燥处理：腐熟好的有机肥应及早晒干或烘干，降低含水量，以便于贮存和进行追肥。干燥的有机肥也比较容易搬运和进行施肥操作，并且含水量减少，也不容易滋生杂菌。
有机肥干燥处理主要有晒干和烘干两种方法。晒干法是将有机肥直接摊放到阳光下暴晒，干燥速度慢，需要的时间比较长，同时受天气的影响也比较大。烘干法是用专用烘干机械烘干有机肥，该法不受气候的影响，烘干速度快，烘干的质量也比较好，是理想的烘干方法，目前市场上已有专供鸡粪烘干用的机械供应。
3、粉碎过筛：烘干后的有机肥要进行粉碎过筛，使有机肥颗粒大小均匀，不含有石块、土块等大的杂物。有机肥粉碎后施肥，一是有利于均匀施肥，提高施肥的质量；二是有利于有机肥中的养分向土壤中扩散，便于蔬菜吸收利用，提高有机肥的肥效。
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