1、萎蔫：辣椒缓苗期间容易发生萎蔫的主要原因是温室内的温度过高，导致辣椒苗失水过多所致。预防辣椒苗萎蔫的主要措施有：
①遮荫：一般辣椒苗发生轻度萎蔫时，通过遮荫降温，一段时间后便会恢复正常。而重度萎蔫的辣椒苗则需要较长时间后才能够恢复，恢复比较慢。
②叶面喷水：利用叶面喷水来降低苗子的体温，减少苗体内的水分蒸发，同时增加空气湿度和叶面的湿度，使叶片直接吸收水分，加速恢复。该法对促进萎蔫严重的辣椒苗恢复生长效果比较好。
2、叶片发生枯黄：多见于辣椒苗中下部的大龄叶，表现为叶色变黄，后枯黄脱落。
产生该现象的主要原因是定植过程中，辣椒苗的原有根系受到伤害,新根没有及时长出,根系的吸收能力较弱,不能从土壤中吸收充足的水分和养分供应给嫩叶和心叶，嫩叶和心叶只好从下部的成叶中掠夺营养，从而造成下部叶片营养贫乏而褪绿变黄。
另外，缓苗期间产生新根所需要的营养也主要是从靠近根系的下部叶片中获取，也加剧了下部叶片的营养外流，并且伤根越重，根系恢复的越慢，叶片流失的营养也越多，也越容易黄化。
避免缓苗期间叶片黄化的主要措施：
①育苗钵进行护根育苗，不要用常规的床土法育苗。
②用适龄苗定植，苗子不要过大。
③定植过程中要加强根系的保护措施，床土育苗要尽量多带“老娘土”，并且要保持土坨的完整，不要散土露根。
④保持温室内适宜的温度和土壤含水量，温度长时间偏高或土壤湿度长时间偏高，都会妨碍新根的正常产生和吸收，而引起叶片黄化。
3、枯死：表现为整株辣椒苗枯死，一般幼龄辣椒苗较大龄辣椒苗容易发生枯死。
温室秋冬茬辣椒缓苗期间发生枯死的可能原因；
①定植时苗子伤根严重，缓苗期间不能为茎叶提供必需的水分，茎叶萎蔫严重而枯死，该情况在高温下表现的尤为突出。
②苗子定植处施肥过多，发生烧根死苗。
③地下害虫伤根造成死苗。由该原因造成的死苗，其根系往往有被害虫危害过的痕迹。
避免苗子枯死，可采取以下措施：
①用育苗钵进行护根育苗，保持根系完整。
②定植过程中，避免或减少伤根，使苗子带有较多的吸收根系。
③要均匀施底肥。有机肥以及化肥中的肥块要搓碎后进行施肥，并且施肥后要与土壤均匀混合；栽苗土层内要尽量少施肥；有机肥要充分腐熟并捣碎后再施肥。
④要加强防治地下害虫。
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