辣椒齐苗阶段较容易发生的问题主要有：形成“高脚苗”
辣椒幼苗出土后子叶迟迟不变大、子叶卷曲以及发病死苗等。
一般来讲，辣椒不容易发生“高脚苗”，但如果苗床内辣椒苗过于拥挤，光照不足，以及苗床长时间湿度偏大、温度偏高时，则也能够形成“高脚苗”。低温期形成“高脚苗”主要是由于苗床内的光照不足所致；高温期形成“高脚苗”则主要是由于苗床内的温度和湿度过高所致。
辣椒幼苗出土后，子叶迟迟不伸展的可能原因：一是播种了陈种子；二是苗床的土壤湿度偏低，幼苗水分供应不足，子叶生长明显变慢所致；三是育苗土配制不当，育苗土中的用肥量过多，发生了烧根，或用药不当，发生了药害；四是叶面喷药的浓度过高，烧伤了子叶；五是苗床内的温度长时间偏低，子叶生长势变弱所致。
辣椒苗子叶发生卷曲多见于水分供应不足，以及高温期苗床光照过强、温度过高或喷药后的苗床，主要是由于苗床干旱、干燥，或强光、高温以及药害所致。另外，用陈种子播种也容易发生子叶卷曲现象。
辣椒齐苗阶段容易发生的病害主要有猝倒病和立枯病，一般真叶长出前较容易发生猝倒病，真叶长出后较少发生猝倒病，立枯病相应增多。辣椒齐苗阶段较容易发生病害的主要原因：
一是此期辣椒幼苗体内的营养供应不良，生长势比较弱，加之各器官组织尚较幼嫩，抵抗力也比较差等；二是此阶段的辣椒幼苗根系比较小，吸水能力比较弱，必须保持苗床适度的高湿度，才能满足辣椒苗对水的需求，苗床内的湿度相对比较高，也容易引起发病。
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