药物消毒的方法因药物的种类不同而异。
1、熏蒸类药剂：主要有福尔马林、溴甲烷等，一般采取地面喷洒或打孔浇灌法，将药均匀喷洒到地面上，或注入育苗土内，而后用塑料薄膜覆盖，防止药物散失。闷堆2~3天或更长时间后，揭去薄膜，使土壤中多余的药物充分散发，待土中的药物大部散发掉，不会对辣椒种子和辣椒苗造成危害时开始育苗。
2、常规农药：主要有代森铵、多菌灵、五氯硝基苯等，主要采取混拌法，结合配制育苗土，将药物均匀混拌于育苗土中。
用药物消毒时应注意以下几点：
1、要根据防病对象选择农药：常用农药的防病对象如下：
福尔马林可防治猝倒病和菌核病，代森铵能够防治立枯病，五氯硝基苯可防治猝倒病和立枯病，溴甲烷可防治多种苗期病虫害。
2、用药量与方法要适宜：用药量不足，不能够达到对育苗土彻底灭菌的目的。但用药量过大，一则容易对蔬菜种子及幼苗产生药害，二则增加育苗成本。适宜的参考用药量与方法如下：
多菌灵：结合混拌育苗土，每立方米土中混入200克。
代森铵：50%液剂，配制成200~400倍液，每平方米畦面浇灌2~4升。
五氯硝基苯：用70%五氯硝基苯粉剂与50%福美双或65%代森锌可湿性粉剂等量混合，结合混拌育苗土，每立方米土中混人200克。
高锰酸钾：对辣椒苗期立枯病和猝倒病有特效。播种前用500倍液浇灌育苗土，浇透为止。
福尔马林：每立方米土用200~250克原液，配成100倍液，结合翻土，将药液均匀混拌入土内。之后，用塑料薄膜捂盖严实，闷2~3天后，翻堆，充分散发后播种。
溴甲烷：可防治辣椒猝倒病、根腐病、枯萎病等大多数辣椒病害以及线虫、蛴螬、蚂蚁、蝼蛄和大多数一年生和多年生杂草。用拱棚密封地面，每平方米畦面用50~100克(以色列溴化物有限公司生产，国内有售)，将农药放于地面，自然挥发、扩散。2-3天后，撤掉拱棚，通风7~10天。
3、要均匀用药：农药与育苗土应充分搅拌均匀，避免灭菌不彻底或发生药害。
4、育苗土的干湿度要适宜：辣椒育苗土过干燥，土壤中的病菌不活跃，不容易被消灭，同时药物溶解差，活性低，灭菌作用也比较差。育苗土湿度过大，不便于翻土，用药不均匀，灭菌效果也不好。适宜的土壤湿度为半干半湿，也即抓起一把土，手握成团，落地后散开，湿度不足时，应先用喷雾器均匀喷水，湿度过大时，应事先摊开晾晒。
5、要注意安全：一是要注意人身安全，不要引起药物中毒；二是要注意蔬菜安全，不要伤害蔬菜，特别是用熏蒸剂对土壤消毒时，消毒后一定要在土中的药物散发尽或使残留药物浓度降低到安全浓度以下后，才能够用于育苗。为加速药物散发，可将育苗土摊开或定期翻土。
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