判断辣椒种子的质量好坏主要从以下几个方面综合进行考虑：
1、种子的颜色：颜色偏黄、种色鲜艳的辣椒种子为优良的种子，种色灰暗多为陈种子或保管不良受潮了的种子，种色过浅为成熟度较差的秕种子，种色发黑多为病果或烂果内的种子。
2、种子的饱满情况：饱满的辣椒种子为优良的种子。结果晚的后期果或发育较差的果，种子发育不良，饱满度多较差。一般普通辣椒种子的千粒重为6~7克，千粒重小于4克多为饱满度差的种子。
3、种子的整齐情况：辣椒种子的大小、颜色整齐度越高，种子的纯度和质量也就越好。种子的颜色混杂，说明种子的纯度差，该类种子多是由于种株结果不良或果实收获后没有对果实进行挑选，剔除结果较晚、成熟不良或因遭受病害而发育不良或因其他原因而提早成熟的果实，好坏果混杂进行取种造成的。
4、种子的纯度：辣椒种子的纯度越高，种子的质量也就越好。种子的纯度一般用去掉杂物以及杂交种后的纯种子重占供检测种子总重的百分率来表示，优良种子的纯度应不低于98%。
5、种子的气味：优良辣椒种子应具有辣椒种特有的种子香味，如果种子带有异味或霉味，则表明种子的质量不好。
6、种子的发芽情况：把种子用温水浸泡5~6小时，而后用湿布包起种子，放到25~30℃左右的温度条件下，观察种子的发芽情况。从浸种开始，4天内出芽且出芽较整齐的为优良的种子，出芽时间较长以及出芽整齐度较差的为劣质种子。8天后，发芽率达到90%~98%的为优良的种子，发芽率85%左右的为一般质量的种子(也即乙级种子)。
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