辣椒种子由种皮、胚乳、胚芽、胚根、子叶等部分构成。
胚乳是贮藏营养部分，种子萌发和出土时所需要的养分主要由胚乳供给。种子发芽后，胚芽形成植株的茎和叶，胚根则形成植株的主根，子叶展开后进行光合作用，为幼苗初期的生长提供营养。
辣椒的种子比较小，千粒重只有6~7克，贮藏的营养量也比较少，故发芽出苗时间比较长。一些质量稍差的种子往往由于所贮藏的营养量不足，而不能够及时出苗，造成出苗不整齐，出苗率偏低等，一般正常条件下的成苗率为80%以上、条件不良时只有50%左右，所以育苗时，应根据种子的质量以及育苗条件等情况，适当加大播种量。
辣椒的种皮革质，厚而坚硬，表面有蜡质层，透水通气性较差。干种子直接播种时，往往会由于土壤水分不足或湿度过大，通气不良，而不能正常发芽出苗，或者发生烂种。因此，现代辣椒栽培要求浸种催芽后播种。
自然条件下，辣椒种子的发芽力保持年限为5年，生产上主要使用2年以内的种子。当年的种子由于具有一定时间的休眠期，发芽出苗一般不如第二年的好。生产上多采取赤霉素(也即九二零)浸种法，用100毫克/升赤霉素浸种，加快后熟，提高当年种子的发芽率和发芽势。
辣椒新种子以及淘洗干净的种子，表面光滑，色黄有光泽。陈种子以及采种时淘洗不良的种子呈淡褐色，且无光泽。病果以及发酵时间过长发生腐烂的果实，采收下来的种子颜色发黑，无光泽。
辣椒种子上容易携带病毒病、早疫病、炭疽病等病菌，引起辣椒苗发病甚至死苗，故应从无病种株上采种，并且播种前要对种子进行灭菌消毒处理。
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