品种退化指的是果树原有优良种性的减弱现象。退化的表现有：同品种单株间产量发生变异，品质好坏不一，形态特征出现畸变，成熟期不同，或对不良条件的抵抗力减弱等。如温州蜜柑中常出现低产，晚结果以及小叶、劣变类型；蕉柑的粗皮、小果劣变；金冠苹果果锈的劣变类型；梨和葡萄的低产和劣质的变异类型等。
果树品种退化的原因是：①基因劣质微突变的积累。芽变频率依树种、品种、树龄而异，但在多数情况下劣变多于优变。果树大部分以微突变的形式出现，其形态表现不易区分，繁育时易将劣变材料混在一起，引起种性退化。
②异质性枝条繁殖的结果。例如繁殖柑橘时用徒长枝，后代结果迟，产量低。因此必须选择优良的结果母枝作接穗。衰老的芽条在生理上趋于衰退，细胞的生理活性降低，更新能力减弱，其后代也会引起退化。
③病毒的侵染。受病毒或类菌质体侵染后的组织和细胞，破坏了生理协调性，影响产量与质量以及引起细胞内某些遗传物质的变异。此外有性繁殖的果树品种的退化更为明显。例如板栗的果实变小，核桃内褶壁加厚不易剥离等。退化的原因多系天然杂交引起的生物学混杂，基因间发生分离和重组，影响品种的典型性，而使品种退化。防止退化的措施，主要是通过对繁殖材料选优去劣和加强对果树的培育管理和对种苗的鉴定与检疫。某些有性繁殖品种，如番木瓜为了保持品种纯度，必须进行品种内授粉。
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