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一、外形的区别
圣女果根部较发达，侧根非常多，绝大多数分布在土表30厘米的土层里，有茎蔓就自己粉顶了，整个植株高大概2米以上。
番茄全体有腺毛，茎常易倒伏，有强烈气味，相对矮小一些，高大概0.6-2米。
二、果实的区别
圣女果果实较鲜艳，外表一般颜色为鲜红色，有黄色、红色、绿色等果色，单个重约10-30克，果实主要以圆球形为主，种子比番茄小的多，为心形。
番茄果实呈扁球状或者近球状，颜色为桔黄色或者鲜红色，表面较光滑，相对前者普遍大的多，约是前者的几倍大小。
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